ADN Humain vs Chimpanzé: Une divergence bien plus grande que prévu?

Pendant des décennies, l’idée largement répandue était que les humains et les chimpanzés partageaient environ 98,8 à 99 % d’ADN, une statistique utilisée dans de nombreux manuels, musées et articles scientifiques pour soutenir une origine évolutive commune. Une nouvelle étude publiée dans Nature change radicalement la donne. Elle confirme d’autres études minoritaires qui présentaient une similitude d’environ 85%.

Quand on prend en compte l’ensemble du génome, la similarité entre l’ADN humain et celui du chimpanzé est beaucoup plus faible que la fameuse “similitude de 98 à 99 %” souvent citée dans les médias. En réalité, des estimations autour de 84 à 89 % sont reconnues dans des publications sérieuses et évolutionnistes, en particulier lorsque l’on inclut:

• les inversions
• les insertions/délétions (indels)
• les séquences non alignables
• les régions répétées et hétérochromatiques

Richard Buggs

Dans une série d’articles de blog (2017–2022), Richard Buggs (professeur d’évolution génomique à Kew Gardens) a montré que:

« Lorsqu’on prend en compte l’alignement total, les insertions/délétions (indels) et les réarrangements, la similarité globale est plus proche de 84 à 85 %. Le chiffre de “98–99 %” ne concerne que les positions nucléotidiques simples alignées. »

Attention, Buggs ne rejette pas l’évolution mais critique la simplification excessive de la similarité ADN entre humains et chimpanzés.

Jeffrey Tomkins

Le créationniste Jeffrey Tomkins (ICR) estime que la similarité est environ 85% ou moins.

Erika Gutsick Gibbon (alias Gutsick Gibbon) est une YouTubeuse et doctorante en anthropologie biologique, spécialisée en primatologie, paléontologie et biologie évolutive. Elle est reconnue pour ses vidéos pédagogiques sur l’évolution, notamment pour réfuter les arguments créationnistes, notamment ceux du courant « terre jeune ». Elle a beaucoup critiqué Tomkins sur son chiffre de 85%. L’étude publiée dans Nature vient toutefois confirmer les chiffres de Buggs et Tomkins.

Yoo et al., (08 mai 2025)

Les auteurs de l’étude “Complete sequencing of ape genomes” (Nature, 2025) sont évolutionnistes dans leur cadre de pensée scientifique. L’article s’inscrit dans une démarche de comparaison phylogénétique entre espèces de grands singes (chimpanzé, bonobo, gorille, orang-outan, siamangg) et l’humain. Cela suppose:

• Des analyses basées sur des arbres phylogénétiques et des modèles de substitution moléculaire.
• Un ancêtre commun aux hominidés.
• Des divergences génétiques mesurées en millions d’années (approche typique de la biologie évolutive).

Les auteurs sont affiliés à des institutions académiques séculières (Université Johns Hopkins, Université de Washington, Institut Max Planck, Broad Institute, NIH, etc.). Aucun auteur n’est identifié comme lié à une institution créationniste ou à un mouvement d’Intelligent Design.

Des termes comme: « divergence », « dernier ancêtre commun », « gain/perte de gènes », « sélection positive », « évolution rapide », etc. …sont omniprésents dans l’article. Cela reflète une méthodologie rigoureusement naturaliste et évolutionniste, sans référence à une quelconque intervention divine ou à un dessein intelligent.

L’étude visait à mieux comprendre les mécanismes de divergence entre les espèces, à fournir une base solide pour retracer l’évolution génomique dans la lignée humaine et à éclairer des processus comme la duplication génique, l’inversion chromosomique et la spéciation.

Dans cette étude, la proportion de divergence humaine-chimpanzé est potentiellement sous-estimée: les “gaps” non alignés indiquent une divergence entre ~ 12,5 % et 13,3 %, à laquelle s’ajoute ~ 1,5–1,6 % de variations ponctuelles, pour un total d’environ 14–15 %. Jusqu’à 12,5–27,3 % du génome ape ne s’aligne pas de façon simple (déletions, duplications, inversions).

Contrairement aux anciens brouillons de génomes des grands singes, les anciens génomes étaient partiels et souvent assemblés à partir du génome humain comme guide, ce qui les “humanisait” artificiellement. La nouvelle étude a utilisé des technologies avancées pour obtenir, pour la première fois, des génomes de singes complets, sans lacunes, du télomère au télomère.

L’étude révèle que le génome du chimpanzé diffère du génome humain d’environ 14,9 % au total, et non 1 %:

• “Gap divergence” (séquences absentes ou non alignées): 13,3 %
• SNV (variations nucléotidiques simples): ~1,6 %
• Total: environ 14,9 % de différence

Ce jeu de données constitue la première ressource complète, non biaisée par le génome humain, pour les comparaisons évolutives entre grands singes. La liaison entre humanité et chimpanzé pourrait être 10 fois plus divergente que la fameuse allégation de “1 %”, si on inclut les gaps et régions structurellement variables .

Comparaisons similaires du génome humain avec d’autres singes:

Espèce	Gap divergence	SNV	Différence totale
Chimpanzé	13.3%	~1.6%	~14.9%
Bonobo	~14.4%	~1.6%	~16.0%
Gorille	~27.3%	~2.0%	~29.3%
Orang-outan (Sumatra)	~16.5%	~3.6%	~20.1%

Le Dr Casey Lusin dans son analyse de cette étude regrette le fait que ces données majeures soient reléguées aux annexes techniques de l’étude (Supplementary Data). Il suggère que cette discrétion éditoriale pourrait être intentionnelle, afin d’éviter une remise en cause trop directe du paradigme évolutionniste ou de l’idée que l’homme est “presque un singe”. Il écrit:

Fait intéressant, deux prépublications de l’article (v1 et v2), publiées l’an dernier sur BioRxiv (qui sont vraisemblablement les versions du manuscrit soumises à Nature, initialement puis après une première révision), introduisent ce résultat avec les deux phrases suivantes:

« La statistique souvent citée d’environ 99 % d’identité de séquence entre le chimpanzé et l’humain se vérifie pour la majeure partie du génome, lorsqu’on ne considère que les variations mononucléotidiques (SNV). Toutefois, les comparaisons entre génomes T2T suggèrent une estimation bien plus nuancée. »

Dans l’étude finalement publiée, la comparaison directe entre les génomes des singes et celui de l’homme est difficile à trouver. Le passage suivant est celui qui s’en rapproche le plus:

« Globalement, les comparaisons de séquences entre les génomes complets des singes ont révélé une divergence plus grande que ce qui avait été estimé auparavant (voir les Notes complémentaires III–IV). En effet, entre 12,5 % et 27,3 % du génome d’un singe n’a pas pu être aligné ou était incompatible avec un alignement simple en correspondance un-à-un, ce qui a entraîné des lacunes. »

Commentaire de Tomkins sur l’étude de Yoo et al

Jeffrey Tomkins a commenté l’étude parue dans Nature sur les génomes complets des grands singes. Il rappelle que le chiffre de 98,5% est un pilier fragile de la théorie de l’évolution humaine:

« Un taux significativement inférieur à 98,5 % détruirait le fondement entier du modèle évolutionniste. »

L’étude a séquencé 5 génomes de grands singes de façon complète et sans lacune (telomere-to-telomere, ou T2T). Elle annonce que 99,5 % de chaque génome a été correctement assemblé et localisé, avec une très faible marge d’erreur (1 erreur pour 2,7 millions de bases). Pourtant, aucune comparaison directe entre l’ADN humain et chimpanzé n’est indiquée dans l’article principal de 17 pages. Ces données comparatives se trouvent enterrées dans le document supplémentaire de 173 pages, dans les tables III.19 et III.20, disponibles à un autre lien.

Il souligne correctement que l’ancien chiffre de 98–99 % ne tient compte que des SNVs (substitutions ponctuelles), et pas des indels ni des réarrangements structurels. Le fait que la comparaison humaine-chimpanzé soit absente de l’article principal de Nature est une réalité confirmée, et ces données sont effectivement dans les annexes.

D’après les dernières analyses génomiques le chromosome X humain et celui du chimpanzé ont environ 95 % de similarité globale (y compris structurelle), avec seulement 4,4 % de divergence par « gap » (zones non alignables). Le chromosome Y humain, en revanche, a une similarité bien plus faible avec celui du chimpanzé:

• 56,6 % de “gap divergence”
• 3,9 % de divergence en SNVs
• Cela signifie moins de 40 % de similitude complète (voire moins de 10 % d’identité stricte selon certaines méthodes d’alignement).

Le chromosome Y est donc extrêmement différent entre humains et chimpanzés, bien plus que le reste du génome. Tomkins déclare:

« Ces niveaux de similarité ADN de 84 % à 85 % entre l’humain et le chimpanzé avaient été prédits à l’origine dans plusieurs études que j’ai menées à l’ICR en 2016 et 2018. Bien que mes recherches n’aient pas porté sur l’alignement de génomes entiers, les échantillons de fragments d’ADN analysés étaient suffisamment grands pour permettre des prédictions précises, qui ont maintenant été confirmées par des recherches conventionnelles à grande échelle et lourdement financées.« 

Commentaire de Richard Buggs

En 2018, Buggs avait publié une analyse indépendante des similarités entre les génomes humain et chimpanzé, à partir des assemblages disponibles à l’époque (humain : hg38, chimpanzé : panTro6). Il avait conclu :

« Le pourcentage de nucléotides du génome humain ayant des correspondances exactes en un-à-un avec le génome du chimpanzé était de 82,34 %. »

Cette analyse avait été critiquée, car à l’époque, les génomes n’étaient pas encore complètement assemblés, ce qui pouvait biaiser les résultats. L’étude de Nature propose pour la première fois des assemblages génomiques complets (telomere-to-telomere), pour plusieurs espèces de grands singes, dont l’humain et le chimpanzé.

Buggs résume les résultats comme suit:

Type de divergence	Valeur observée (humain vs chimpanzé)
Gap divergence (bases sans alignement)	13,3 %
Divergence SNV (bases différentes mais alignées)	1,6 %
Total divergence	14,9 %
Identité exacte un-à-un	85,1 %

Pour Buggs, cela signifie que 85,1 % des nucléotides du génome humain ont une correspondance exacte avec ceux du chimpanzé. C’est légèrement plus élevé que son chiffre de 2018 (82,3 %), mais globalement cohérent. Buggs revient aussi sur les divergences pour les chromosomes sexuels:

Chromosome	Gap divergence	SNV divergence	Total
X	4,18 %	1,15 %	≈ 5,33 %
Y	75,6 %	3,98 %	≈ 79,6 % (!!)

La nouvelle étude confirme largement ses estimations antérieures. Il souhaite refaire son analyse de 2018 avec les données 2025 pour comparer les méthodes. D’ici là, les chiffres publiés dans Nature sont fiables et utiles pour comparer objectivement les génomes.

Le chiffre réel de similarité génomique exacte entre humain et chimpanzé

Le chiffre réel de similarité génomique exacte entre humain et chimpanzé est d’environ 85 %, et non 98–99 %. Les divergences sont significatives, surtout au niveau des structures génomiques complexes et du chromosome Y.

Le défi du temps: peut-on accumuler 15 % de différences en 6–7 millions d’années?

Selon le modèle standard, l’homme et le chimpanzé ont divergé il y a 6 à 7 millions d’années. Si l’on considère un taux de mutation d’environ 1 à 1,2 x 10⁻⁸ mutations par base et par génération, cela limite le nombre total de mutations transmissibles.

Avec un taux de mutation d’environ 1,1 × 10⁻⁸ mutations par base par génération, on obtient environ 9,15 millions de mutations dans une lignée (humaine ou chimpanzée) au cours de 6,5 millions d’années, en supposant une génération tous les 25 ans. Puisque la divergence se produit dans deux lignées séparées après la scission (homme et chimpanzé), on double ce chiffre pour obtenir la divergence totale entre les deux : environ 18,3 millions de mutations au total.

Or, si on estime une divergence globale de 15 % sur un génome de 3,2 milliards de bases, cela correspond à environ 480 millions de différences (ponctuelles + structurelles).

Cela surcharge le taux de mutation acceptable selon les calculs de la génétique des populations. Plus le génome est divergent, plus le temps requis pour accumuler ces changements de manière aléatoire et fixée par sélection (ou dérive) est long.

Les 15 % de différences ne sont pas toutes neutres : elles affectent des régions codantes, régulatrices, épigénétiques, des duplications, des pertes de gènes, des remaniements chromosomiques. Par exemple, des gènes liés au langage, à la bipédie, au développement cérébral, au système immunitaire, etc., sont impliqués. Il devient difficile d’expliquer l’émergence rapide de nouveaux traits biologiques complexes uniquement via des mutations aléatoires fixées par sélection naturelle.

Une grande partie du génome des chimpanzés ne s’aligne pas avec l’ADN humain. Ces portions (jusqu’à 10 à 15 % du génome) sont souvent riches en éléments régulateurs, en duplications segmentales, en rétrotransposons, etc.

Le chiffre “98,5 à 99 % de similitude” est toujours largement répandu dans les manuels, documentaires et arguments populaires. Or, cette valeur n’inclut que les sites alignables et ignore les autres types de variations.

Cela donne une fausse impression de continuité génétique étroite et dissimule la véritable étendue des différences. Cela affaiblit la confiance dans la transparence des affirmations évolutionnistes, et alimente les critiques créationnistes ou sceptiques.

Les modèles de coalescence, de dérive génétique, de sélection et d’horloge moléculaire sont mis sous pression par ces divergences importantes. Il devient difficile de reconstruire un ancêtre commun réaliste entre chimpanzés et humains avec 15 % de différence, sans recourir à des événements de réarrangements massifs, des bottlenecks extrêmes ou des hypothèses ad hoc.

Il y a un écart d’un facteur d’environ 25 entre les mutations que le modèle peut produire (18 millions) et les différences réellement observées (≈ 480 millions). Cela constitue un défi majeur pour le modèle évolutionniste standard, à moins d’expliquer une grande partie des différences par événements structuraux massifs (insertions, duplications, transposons), ou de supposer des taux de mutation beaucoup plus élevés dans le passé, ou d’admettre que ces différences ne se sont pas toutes accumulées graduellement.

Il faudrait environ 341 millions d’années pour accumuler 480 millions de différences génétiques (ponctuelles et structurelles) entre deux espèces, à un taux de mutation moyen de 1,1 × 10⁻⁸ mutations par base par génération avec une génération tous les 25 ans. Mais le modèle évolutionniste ne dispose que de 6 à 7 millions d’années pour justifier une évolution par mutations entre l’ancêtre commun supposé des chimpanzés et l’homme.

Les différences génétiques ne nous disent pas tout

La différence entre deux organismes — et en particulier entre l’être humain et le chimpanzé — ne réside pas uniquement dans la séquence de leur ADN, mais aussi dans plusieurs niveaux supplémentaires d’information biologique.

Les différences génétiques sont souvent mesurées en % de similarité, mais elles ne suffisent pas à expliquer les différences morphologiques et comportementales majeures. L’épigénétique concerne les modifications de l’expression des gènes sans modification de la séquence ADN. Les principaux mécanismes sont:

• Méthylation de l’ADN (ajout de groupes CH₃ sur les cytosines)
• Modifications des histones (acétylation, méthylation, etc.)
• Organisation de la chromatine (ouverture/fermeture régionnelle)
• ARN non codants régulateurs (microARN, lncRNA)

Ces mécanismes régulent quels gènes sont exprimés, quand, dans quelles cellules, et à quelle intensité. Même si les humains et les chimpanzés ont des gènes très similaires (design commun) dans l’ensemble le réseau de régulation des gènes est différent, les gènes du développement (ex. HOX, FOXP2, etc.) peuvent être activés à des moments, durées ou intensités différentes. Cela entraîne des conséquences énormes sur le cerveau, le langage, la bipédie, etc.

Un gène du cerveau peut être identique chez l’homme et le chimpanzé… mais exprimé plus tôt, plus longtemps, ou dans une autre zone chez l’homme ce qui donne des changements radicaux.

Les gènes et l’épigénome interagissent dynamiquement. Certains gènes codent pour des protéines régulatrices qui influencent l’épigénome… Tandis que l’environnement cellulaire (ou même social) influence les marqueurs épigénétiques.

Dans la fameuse étude Enard et al. (Nature, 2002) les différences dans l’expression des gènes du cerveau entre humains et chimpanzés sont 3 à 4 fois plus grandes que dans les autres tissus (foie, rein, etc.) et les études épigénomiques plus récentes montrent de fortes divergences dans la méthylation de l’ADN et des motifs spécifiques à l’homme dans les régions régulatrices des gènes du cerveau, du larynx, des muscles faciaux, etc.

Deux organismes peuvent avoir des gènes très similaires, mais des vies biologiques radicalement différentes si l’expression de ces gènes est modulée différemment.

Niveau	Type de différence	Importance
Génétique	Séquence ADN	Structure de base
Épigénétique	Méthylation, histones, ARN non codants	Contrôle de l’expression
Régulation	Réseau de transcription, chronologie	Développement et fonctions
Phénotypique	Anatomie, cognition, langage, culture	Résultat observable

Ainsi, les récentes études montrent que les humains et les chimpanzés sont très différents, aussi bien au niveau génomique qu’épigénomique!