La Duplication de Gènes produit-elle l’évolution vers le haut?

Comme la sélection naturelle et les mutations génétiques sont des processus inadéquats pour expliquer l’évolution complexe ou la macroévolution les évolutionnistes cherchent des concepts alternatifs pour expliquer l’évolution. Parmi ceux-ci se trouvent la duplication de gènes. Malheureusement pour eux, quand on y regarde de plus près ce processus ne permet pas d’expliquer l’évolution ascendante qui va de formes de vie simple à complexe.

Qu’est-ce que l’évolution via duplication de gènes?

Les évolutionnistes avancent qu’une mutation peut provoquer la duplication de gènes qui permet à une copie du gène de muter et d’évoluer pour accomplir une nouvelle fonction. Cela, tout en permettant à l’autre copie du gène de continuer à remplir sa fonction. Ce concept est largement épousé par les évolutionnistes comme étant le moyen de créer des nouveaux gènes.

En effet la sélection naturelle ne réalise qu’une évolution vers le bas et ne fonctionne qu’à partir du moment où elle travaille sur un code génétique complexe. C’est un processus d’élimination et non de création de nouvelles informations génétiques. Les évolutionnistes informés ne font donc plus appel à la sélection naturelle pour expliquer l’origine du code génétique et de la complexité du monde du vivant. La sélection naturelle explique comment descendre la montagne mais pas comment on l’a grimpé en premier lieu! C’est pourquoi la duplication de gènes est proposée pour expliquer cette ascension.

La duplication de gènes est une méthode supposée d’exaptation, c’est à dire qu’il s’agit de la reprise d’une fonction existante pour servir un autre objectif. Cette théorie souffre du problème de la régression infinie. Si une nouveauté évolutive provient d’autre chose, laquelle provient aussi d’une autre chose et ainsi de suite, alors nous n’expliquons jamais la première chose. Les évolutionnistes tentent de présenter une explication A qui dépend d’une explication antérieure B non expliquée, qui elle-même dépend d’une explication C non expliquée également.

Certains évolutionnistes vont jusqu’à dire que la duplication de gène est le seul moyen par lequel un nouveau gène peut apparaître. Affirmer ceci est une prise de risque car si le concept est inadéquat alors les évolutionnistes se retrouvent démunis d’arguments et sont à nouveau renvoyés à la case départ. Hélas pour eux, « la rue de la paix » est bien loin et difficile à atteindre.

En effet, la question est d’expliquer comment un organisme simple comme une bactérie unicellulaire a pu résulter en un organisme aussi compliqué qu’une girafe ou un être-humain. Ce serait donc via la duplication de gènes.

Il n’y a pas de débat sur le fait que la duplication de gènes se produit. Cela peut se faire sur des gènes, parties de gènes, des chromosomes ou des parties de chromosomes. Nous savons cela parce que la duplication de gènes est une cause importante de maladies et de cancers. Les processus mis en avant par les évolutionnistes sont souvent des processus qui sont essentiellement délétères et ils essaient d’en faire des processus créateurs d’ordre.

La taille du génome n’est pas proportionnelle à la complexité

L’évolution par duplication de gènes fait le pari qu’une augmentation de la taille du génome correspond à la complexité de l’organisme mais les preuves n’indiquent pas du tout cela. Ce n’est pas la taille du génome qui détermine la complexité mais les séquences régulatrices intergéniques et les hiérarchies de régulation des gènes.

En parlant du nombre de gènes, les humains en ont environ 25 000, tandis que le riz en a 50 000. Le plus grand génome n’est pas celui de l’homme, mais celui de la bactérie « Epulopiscium fishelsoni » qui contient 25 fois plus d’ADN qu’une cellule humaine. L’un de ses gènes a été dupliqué 85 000 fois, mais il s’agit toujours d’une bactérie. La même dynamique s’observe au niveau des nombres de chromosomes.

En fait, peut-être que c’est la fonctionnalité particulière des organismes qui rend nécessaire tel ou tel nombre de chromosomes. Ce n’est pas nécessairement plus de complexité = plus de chromosomes ou de gènes. La mouche des fruits a par exemple 8 chromosomes quand une espèce d’écrevisse en a 200. Les chiens en ont 78 quand les humains en ont 46. Cela ne correspond pas aux attentes du modèle évolutif.

La théorie de duplication de gènes pour produire l’évolution est donc erronée car elle prédit une corrélation entre la complexité de l’organisme et le nombre de gènes, la taille du génome et/ou le nombre de chromosomes. Mais le nombre de gènes ou de chromosomes ne produit pas l’augmentation de complexité attendue.

Nous voyons dans un autre domaine que les machines et les appareils ont tendance à diminuer en taille au fil du temps. Les ingénieurs conçoivent des machines plus compacts et plus efficaces. Nous pourrions parler de l’ADN qui est le modèle ultime d’un stockage d’information optimisé. Ce qu’il faut comprendre par là c’est qu’une machine n’est pas plus évolué parce qu’elle a plus de pièces ou de composants mais parce qu’elle utilise une technologie optimisée qui sert un objectif ou des objectifs précis. Ce n’est pas qu’une petite machine soit plus efficace qu’une grosse ou qu’une grosse machine soit plus efficace qu’une petite. Tout dépend de ce que vous voulez faire avec cette machine.

Le système de contrôle épigénétique

Comme indiqué au point précédent, la taille du génome ne détermine pas la complexité. En fait la construction d’un organisme se produit d’une manière plus complexe et efficace que cela. Cela est assez compliqué à expliquer mais avec l’analogie du piano et de la partition musicale nous pouvons tenter de faire comprendre au grand public comment un organisme est fabriqué.

Visualisons un piano avec toutes ses touches de clavier. La musique qui est jouée par le pianiste n’est pas déterminée par les touches du clavier mais par le pianiste qui suit les notes d’une partition musicale et frappe les touches dans une certaine séquence. La particularité d’un être-vivant est similaire. Ce ne sont pas les gènes qui sont principalement responsables de sa formation, c’est le système de contrôle épigénétique qui décide comment les utiliser.

Si évolution il y avait, elle ne se trouverait pas dans les touches du clavier mais dans la partition musicale.

La conservation des gènes

Les principaux composants pour former tous les animaux représentent en fait un très petit nombre de gènes. Ces gènes auraient émergé avant l’explosion cambrienne et n’ont pas changé de manière significative malgré les éons de temps du modèle évolutif. Cela contredit le paradigme évolutionniste de changements qui s’accumulent durant des millions d’années.

Le registre fossile interprété par les évolutionnistes indique que des premières formes de vie primitives ont précédé des formes de vie plus avancées. Mais en fait de nombreux gènes de ces formes de vie primitives sont essentiellement identiques à celles des formes les plus avancées. On perçoit donc que dès le début la plupart des gènes fonctionnaient de manière optimale.

Il n’y a pas eu besoin de duplication de gènes sur des millions d’années pour les rendre fonctionnel. La plupart des gènes sont conservés par la sélection naturelle et d’autres mécanismes de réparation de l’ADN, la reproduction etc…Les gènes se maintiennent et sont comme indiqué très similaires entre les formes de vie simple et complexe.

Le taux de duplication des gènes

La duplication de gènes n’est pas suffisamment élevée pour produire l’évolution désirée. Une étude empirique de Lynch et Conery a utilisé des techniques démographiques en régime permanent pour déterminer avec précision le nombre de gènes dupliqués. Cette étude a évalué sept génomes complètement séquencés. D’après leurs recherches, ils ont estimé que « le taux moyen de duplication d’un gène eucaryote est de l’ordre de 0,01/gène/million d’années, ce qui est du même ordre de grandeur que le taux de mutation par site nucléotidique« . Les chercheurs ont conclu de leur étude que « l’origine d’une nouvelle fonction semble être un destin très rare pour un gène dupliqué« .

Behe et Snoke dans une autre étude ont conclu que, même avec des estimations libérales, la fixation de caractéristiques nécessitant des changements dans plusieurs résidus nécessite à la fois des tailles de population et des nombres de générations si grands qu’ils « semblent prohibitifs ». Ils ont conclu que la duplication de gènes, associée à des mutations ponctuelles, ne semble pas être un mécanisme prometteur pour produire de nouvelles protéines nécessitant plus d’une seule mutation ponctuelle.

La duplication de gènes ne fournit pas aux évolutionnistes une source significative de nouveaux gènes. Il n’y a en réalité pas de preuves indiquant que la duplication de gènes est la source de gènes spécifiques.

Le site evolutionnews.org conclut la chose suivante:

En résumé, nous avons vu que la portée de l’évolution de nouveaux gènes et protéines par la duplication de gènes et la divergence ou du recrutement ultérieur est très limitée, même en facilitant des innovations fonctionnelles relativement triviales. Compte tenu de la gamme extrêmement diversifiée de conformations protéiques trouvées dans les systèmes vivants, la probabilité de la parenté des gènes – même au sein des familles de gènes – peut être traitée avec suspicion et scepticisme sain. Il est quelque peu ironique que les biologistes soient trop disposés à accepter un argument statistique contre deux protéines ou plus avec des séquences similaires apparaissant indépendamment par hasard, mais sont totalement réticents à considérer des arguments statistiques contre elles apparaissant par hasard.

On trouve aussi cette déclaration de scientifique dans l’une des publications:

La sélection naturelle progressive est sans aucun doute importante pour l’adaptation biologique et pour assurer la robustesse du génome face aux pressions environnementales en constante évolution. Cependant, son potentiel d’innovation est largement insuffisant pour expliquer l’origine des séquences exoniques distinctes qui contribuent à la complexité de l’organisme et à la diversité du vivant. Toute alternative/révision au néo-darwinisme doit tenir compte de la nature holistique et de l’organisation des informations codées dans les gènes, qui spécifient les motifs biochimiques interdépendants et complexes qui permettent aux molécules de protéines de se replier correctement et de fonctionner efficacement.

Sources:

• Do new functions arise by gene duplication? (creation.com)
• Does gene duplication provide the engine for evolution? (creation.com)
• Gene Duplication and the Origin of Novel Biological Information: A Case Study of the Globins (evolutionnews.org)
• Does Gene Duplication Perform As Advertised? (evolutionnews.org)
• A Response to Dr. Dawkins’ “Information Challenge” (Part 2): Does Gene Duplication Increase Information Content? (Updated) (evolutionnews.org)
• Hox (homeobox) Genes—Evolution’s Saviour? (creation.com)