Réponse créationniste à la vidéo « les preuves de l’évolution » de Passe-Science – sur les observations directes (5)

Dans ce cinquième article, nous continuons notre révision de la vidéo « Les preuves de l’évolution » de la chaîne YouTube « Passe-Science ». Du premier au quatrième article nous avions traité la première preuve qui était « les preuves anatomiques« , la deuxième preuve qui était « les preuves développementales« , la troisième preuve qui était « les preuves génétiques » et la quatrième preuve qui était « les preuves paléontologiques« . J’aborde ici le cinquième type de preuve: « les observations directes ».

5. observations directes

Cabaret déclare:

« L’évolution étant un processus qui se passe sur le temps long au cours de millions d’années, ce qu’on peut observer à l’échelle humaine sur quelques siècles est limité mais pas inexistant.

On peut par exemple citer beaucoup d’expériences sur les guppies, un petit poisson de rivière au cycle reproductif rapide de l’ordre de quelques mois, ce qui le rend idéal pour en documenter l’évolution sur un nombre significatif de génération tout en restant dans des durées humaines.

A l’état naturel, on constate que dans les populations de guppies où la prédation est élevée, les mâles sont très peu colorés. Ils exhibent cependant des couleurs nettement plus vives dans l’environnement où la prédation est faible. Lorsqu’on introduit des guppies peu colorés dans un environnement à faible prédation, on observe chez leurs descendants en quelques générations seulement le retour progressif de la couleur.

Un nombre aussi réduit de générations ne permet pas d’illustrer l’apparition de nouveautés à la suite de mutations, mais en revanche met en lumière la sélection naturelle, exercé ici par la pression des prédateurs et la sélection sexuelle des femelles, agissant sur des variations déjà présentes dans la population et menant au retour progressif de la couleur, une meilleure adaptation à leur environnement.« 

Ce que montrent vraiment les expériences sur les guppies est que quand la prédation est forte, les mâles deviennent moins colorés (technique de camouflage). Quand la prédation est faible, les mâles redeviennent colorés (sélection sexuelle par les femelles). Le tout se passe en quelques générations seulement.

Il ne s’agit donc pas de l’apparition de nouvelles structures ou de nouveaux gènes. C’est un changement réversible, basé sur des variations déjà présentes dans le patrimoine génétique.

Cabaret y voit la démonstration directe de la sélection naturelle en action. Pour lui, c’est une « microévolution » observable, qui illustre les mécanismes de la grande évolution sur le long terme. Cependant il reconnaît lui-même qu’aucune nouveauté génétique n’apparaît ici. En fait il n’y a pas de phénomène d’extinctions et de mutations aléatoires. Les adaptations sont programmées dans le génome, elles sont internalistes, causées par des variables endogènes et non exogènes (l’environnement n’est qu’un déclencheur d’un potentiel existant).

Le modèle de biologie intelligente CET (Continuous Environmental Tracking) explique très bien ce phénomène. Les guppies sont équipés de capteurs (perception de signaux environnementaux comme prédation, stress, signaux chimiques). Ces signaux sont traités par des réseaux génétiques intégrés. Le système déclenche une réponse adaptative (modification de l’expression de la couleur, plasticité phénotypique). C’est un mécanisme ingénieux, programmé en avance et non un bricolage aveugle. De plus, la réversibilité rapide montre que ce n’est pas une évolution directionnelle aléatoire, mais une plasticité intégrée (un gène cassée ou modifiée n’est pas censé revenir à l’état initial).

Ce n’est pas la création d’un nouveau « genre », ni une innovation structurelle, ni une preuve de macroévolution. C’est un exemple de variation intra-espèce, de la même nature que les phénotypes du papillon Biston betularia (clair/sombre selon la pollution), ou la variation de plumage chez certains oiseaux selon l’environnement.

Cabaret présente les guppies comme une preuve d’évolution mais ce que l’on observe, c’est une variation réversible, basée sur de l’information déjà présente dans le génome. Quand il y a des prédateurs, les guppies deviennent ternes. Quand il n’y en a plus, ils redeviennent colorés. C’est exactement ce que prévoit le modèle CET; l’organisme capte un signal environnemental, le traite et fournit une réponse rapide et ingénieuse. Ce n’est pas l’apparition d’un nouveau gène, mais l’expression d’un programme déjà intégré. Une démonstration de design adaptatif.

En fait c’est une démonstration de la rapidité des adaptations, de la spéciation, qui est intervenue après le déluge. La sélection naturelle et la mutation aléatoire sont réfutées dans l’exemple des guppies. Il n’y ni extinction, ni phénomène contingent dans le génome, que des mécanismes ciblés, finalistes, intelligents. La synthèse néodarwinienne n’explique pas non plus la microévolution ou l’adaptation, le modèle de biologie intelligente CET, oui.

La macroévolution quant à elle n’est même pas effleurée dans cet exemple (les guppies restent des guppies). L’extrapolation a ses limites et le génome est limité dans ce qu’il peut faire, un cheval reste un cheval, un trilobite un trilobite, un reptile un reptile. Certes on a une variété de chevaux, de trilobites et de reptiles, dans le présent ou dans le registre fossile, mais jamais ces derniers ne se transforment en une autre forme fondamentale.

• Les espèces ont-elles eu le temps de se diversifier depuis le déluge de Noé?
• Exploration d’une Nouvelle Théorie de Biologie Intelligente: Continuous Environmental Tracking (CET)
• L’analogie des Éphémères (insectes) fonctionne t-elle pour argumenter la macro évolution?

L’expérience de Lenski

Cabaret parle ensuite de l’expérience de Lenski:

« Les cycles reproductifs étant encore plus rapides dans le monde microscopique, on peut observer encore plus convaincant avec des bactéries comme dans l’expérience de Lenski, ayant étudié sur plus de 30 ans, soit environ 80 000 générations, la bactérie E.coli dans un environnement contrôlé. On a ainsi documenté une augmentation de la fitness au fil du temps, c’est-à-dire de l’adaptation. Comment définir et mesurer ceci ? c’est assez simple.

On regarde des spécimens à différents stades de l’expérience. On les introduit avec le spécimen de référence dans un environnement vierge et on regarde au bout d’une certaine durée, disons 24h, le plus prolifique. L’environnement expérimental étant différent de l’environnement naturel, l’espèce sauvage pouvait largement s’améliorer. Et c’est bien ce qui a été constaté. Au bout de 33 000 générations on a même été témoin d’un gain de fonction dans certaines des populations tests. Des mutations ont entraîné la duplication du gène codant une protéine d’import du citrate, le déplaçant d’une zone normalement inactive vers une région active du génome, permettant ainsi à la bactérie d’utiliser le citrate comme source supplémentaire de matière et d’énergie.

En résumé l’expérience de Lenski est la constatation directe que la marche aléatoire des mutations combinées à la sélection naturelle peut mener à l’augmentation de l’adaptation et à la découverte de nouvelles fonctions.« 

Depuis 1988, 12 populations d’E. coli sont élevées dans un environnement riche en glucose mais pauvre en nutriments secondaires. On appelle cette expérience LTEE (E. coli long-term evolution experiment). Les évolutionnistes revendiquent au sujet de la LTEE:

• Une augmentation de la fitness (meilleure croissance dans cet environnement artificiel).
• Une apparition de diverses mutations avantageuses (perte ou modification de gènes existants).
• Que vers la 33 000e génération, dans une seule des 12 lignées, il y a apparition d’une capacité inhabituelle: le fait d’utiliser le citrate en condition aérobie (normalement E. coli ne le fait pas).

Pour l’évolutionniste, la chose est présentée de la manière suivante: la bactérie a « gagné une nouvelle fonction » (utiliser le citrate) et cela montre que des mutations aléatoires + sélection naturelle peuvent générer de la nouveauté fonctionnelle. Lenski lui-même a présenté cela comme un exemple de macroévolution en laboratoire (une « innovation clé » qui change l’écologie de la bactérie).

La réponse créationniste est premièrement qu’on a toujours des E. coli après 80 000 générations, on n’a pas de « nouvelle espèce » ni une structure biologique complexe inédite. C’est plus que parlant, par exemple, entre l’ancêtre évolutionnaire simiesque hypothétique des hommes et des chimpanzés et les premières traces d’homme comme Homo Erectus, Neandertal, Denisovan (des hommes tout aussi modernes que nous selon les créationnistes), il y a à peine 2 millions d’années (en ignorant les artefacts humains qui resserrent encore ce gap) selon le référentiel évolutif, soit l’équivalent de 100 000 générations. Cela permet de voir, avant même qu’on nuance les expériences de Lenski, qu’on est très loin de faire le travail théorique de l’évolution.

Le « gain » revendiqué par Lenski et repris par Cabaret, est en fait une redirection, car le gène d’import du citrate existait déjà. Une mutation de duplication + repositionnement a désinhibé un transporteur préexistant, permettant son expression en condition aérobie. Ce n’est pas une « nouvelle invention moléculaire », mais une réutilisation mal régulée d’un outil déjà là.

Les autres mutations documentées dans l’expérience sont souvent des pertes ou dégradations de fonction qui confèrent un avantage immédiat dans ce milieu artificiel (exemple avec la perte d’enzymes coûteuses quand elles ne servent pas).

Comme le dit Michael Behe (Darwin Devolves, 2019), la plupart des gains de fitness se font via des mutations réductrices, on s’adapte mieux en perdant des capacités superflues dans cet environnement réduit, mais au prix d’une régression génétique.

Le cas du citrate peut être compris comme un mécanisme adaptatif. Le génome avait déjà les gènes nécessaires. Un changement de régulation a permis leur expression dans un contexte inhabituel. C’est exactement le type de plasticité prédite par le modèle CET:

• Capteur (pression nutritive)
• Traitement (modification génétique/regulationnelle)
• Réponse (réutilisation d’un transporteur existant).

Scott Minnich (Université de l’Idaho) a répété l’expérience dans d’autres conditions: il a obtenu la même mutation en quelques semaines, pas en 30 000 générations. La conclusion est que ce n’est pas un événement rare et historique, mais une réponse banale et répétable sous certaines conditions. Des microbiologistes séculiers (John Roth, UC Davis, et Sophie Maisnier-Patin) ont confirmé que la notion de « contingence historique » est largement surjouée.

Après 80 000 générations, Lenski a toujours des E. coli.

Les mutations observées dans l’expérience de Lenski, citrate inclus, sont limitées et répétitives. E. coli n’a pas inventé de nouvelles fonctions radicales, mais seulement dérégulé un transporteur déjà présent.

Les « innovations » sont soit des pertes de fonction, soit des dérégulations de gènes préexistants. Cela illustre l’adaptation (microvariation), pas la macroévolution. Le modèle CET explique ces résultats sans invoquer un « hasard créateur »: les bactéries sont équipées de systèmes adaptatifs intégrés leur permettant de survivre dans des environnements changeants.

Loin d’illustrer une créativité évolutive illimitée, l’expérience montre que la plasticité d’E. coli est étroite et contrainte.

Un article avait déjà abordé cette expérience de Lenski sur le site:

• Microévolution vs Macroévolution : Ce que révèle l’étude de 35 ans sur les bactéries E.coli

Deux articles de Michael Behe réfutent l’interprétation évolutive de l’expérience de Lenski:

• Richard Lenski and Citrate Hype — Now Deflated
• Citrate Death Spiral

Le deuxième article documente que des chercheurs ont suivi le mutant citrate (Cit+) pendant 2 500 générations supplémentaires. Dans un environnement avec citrate seul, ou citrate + glucose. Les résultats génétiques montrent des mutations dominées par insertions, délétions et transpositions d’éléments mobiles. Des dizaines de gènes sont perdus et la majorité des mutations sont dégradatives.

Le constat est inquiétant car on observe une mortalité croissante. Les bactéries mutantes Cit+ montrent une forte mortalité cellulaire:

• Ancêtre LTEE : ~10 % de cellules mortes.
• À 33 000 générations : ~30 %.
• À 50 000 générations : ~40 %.
• Dans certaines conditions citrate-only : >50 % de mortalité.

Les mutants se sont adaptés en partie en « cannibalisant » les cellules mortes avec des mutations dans les gènes du métabolisme des acides gras. En clair, « l’évolution » a mené à des bactéries plus fragiles, qui survivent en mangeant leurs cadavres.

Le seul cas présenté comme un « gain de fonction » (citrate) se révèle être un processus destructeur à long terme. La capacité citrate n’a pas inversé la tendance générale: les bactéries LTEE accumulent surtout des mutations de perte de fonction.

Michael Behe déclare:

« Le seul résultat qui semblait au premier abord indiquer une voie nouvelle s’est transformé en une spectaculaire dévolution. (…) Grâce au travail de Lenski, nous pouvons désormais être certains que, comme les E. coli mangeurs de citrate, la théorie darwinienne elle-même est en spirale de mort.« 

La LTEE, loin de montrer la « créativité » de l’évolution, révèle que le mécanisme darwinien mène surtout à l’appauvrissement génétique et à des populations dégénérées. Ce même processus, envisagé pour tous les organismes, démontre la théorie de John Sanford sur l’entropie génétique. Si l’humanité était vieille de dizaines de milliers de génération, elle serait dans l’état calamiteux de la bactérie E-coli, voire éteinte.

«Il est difficile d’expliquer comment la population humaine a pu survivre… un fort taux de mutations nocives (U >> 1) est paradoxal pour une espèce qui a un taux de reproduction bas…»

«Les mutations nocives sont nombreuses chez les humains et nos proches cousins, il est étrange qu’une telle espèce ait pu survivre»

Eyre-Walker and P. Keightley 1999, High genomic deleterious mutation rates in Hominids. Nature 397:344

Il faut être prudent et critique quand des arguments évolutionnistes sont présentés, ils le sont d’une manière très biaisée. On a l’impression que l’argument est imparable mais quand on fouille, on voit que beaucoup d’informations sont manquantes et que la réalité est très différente.

L’endosymbiose

Cabaret déclare:

« D’autres types d’évolution ont été observés expérimentalement comme l’évolution par endosymbiose. Chaque cellule de votre corps contient des mitochondries, l’organelle responsable de la production d’énergie. Selon l’hypothèse évolutive, cette organelle était originellement un organisme à part entière ayant été ingéré, non détruit et ayant appris à se reproduire à l’intérieur de son hôte, persistant ainsi de génération en génération.

S’en est suivi une coévolution symbiotique menant aux cellules modernes dans lesquelles hôte et mitochondries ne peuvent se passer l’un de l’autre. Et c’est ce type d’évolution qu’une expérience de 2008 a réussi à initier en laboratoire. En maintenant pendant plusieurs années un microcosme comportant une algue et un cilié prédateur, les chercheurs ont vu apparaître et persister une lignée stable d’endosymbiose, l’algue vivant et se reproduisant à l’intérieur de l’hôte, transmise à la génération descendante et conférant l’avantage sélectif de pouvoir utiliser des sources alternatives de nourriture par l’intermédiaire de l’algue. »

Le généticien Jeffrey Tomkins a traité ce sujet¹. Il faut partir du point de départ pour comprendre la théorie de l’endosymbiose (popularisée il y a une cinquantaine d’année) et son importance dans le scénario évolutif.

Les cellules eucaryotes (avec noyau, mitochondries, chloroplastes, etc.) sont radicalement différentes des cellules procaryotes (bactéries, archées). Cela représente un fossé difficile à combler pour l’évolution car il n’y a aucune explication naturaliste claire sur comment des structures aussi complexes seraient apparues à partir de simples bactéries.

L’argument évolutionniste de Cabaret utilise l’expérience de 2008 (souvent Nowack et al., PNAS 2011, basée sur des travaux de symbiose entre Paramecium bursaria et des algues vertes comme Chlorella).

Les mitochondries et chloroplastes auraient une origine endosymbiotique. Une bactérie ancestrale aurait été « engloutie » par une cellule hôte et la relation aurait évolué en interdépendance avec les organites actuels.

Des chercheurs ont maintenu pendant plusieurs années un système avec une algue (Chlorella) et un prédateur cilié (Paramecium). Une lignée stable d’endosymbiose est apparue, l’algue s’est maintenue et transmise dans les descendants du cilié. L’avantage est que le cilié pouvait exploiter une source d’énergie via la photosynthèse de l’algue. L’interprétation est un « un début de mitochondrie en direct », une confirmation expérimentale du modèle.

Cette idée reposait au départ sur de vagues similitudes entre certains gènes mitochondriaux et bactériens. Avec le séquençage massif des génomes, la situation s’est compliquée pour la théorie:

• Seulement 10 à 20 % des protéines mitochondriales montrent une parenté solide avec les α-protéobactéries (les supposées ancêtres).
• La grande majorité des protéines mitochondriales sont sans équivalent bactérien clair.
• Il y a donc peu de preuves directes d’un héritage bactérien.

Même les eucaryotes unicellulaires primitifs (levures, protozoaires) ont déjà des mitochondries aussi complexes que chez les plantes et animaux. Un évolutionniste (Gray, 2015) admet que le dernier ancêtre mitochondrial commun (LMCA) était déjà aussi complexe que les mitochondries modernes. Cela suggère qu’il n’y a aucune trace d’un processus graduel d’intégration.

Les gènes nécessaires au fonctionnement des mitochondries sont propres à chaque type d’organisme. On observe des similarités, mais celles-ci peuvent être expliquées par un principe d’ingénierie de réutilisation de code (comme un programmeur réutilise des modules pour des fonctions analogues). Les mitochondries apparaissent donc comme des systèmes intégrés dès l’origine, et non comme des bricolages de symbiose aléatoire.

Les données modernes affaiblissent fortement la théorie de l’endosymbiose. Il n’y a pas de preuves génétiques solides d’un ancêtre bactérien des mitochondries. Il n’y a pas de séquence évolutive progressive: les mitochondries apparaissent déjà complexes et complètes dans tous les organismes. L’hypothèse relève plus de la spéculation que de la science, et cadre mieux avec une conception intelligente (design d’emblée intégré).

La réponse critique est qu’il n’y a pas de nouveauté génétique radicale. L’algue et le cilié avaient déjà leurs génomes complets. Aucune innovation moléculaire majeure n’est apparue, c’est une association écologique, pas une création d’organite. Rien n’indique que l’algue serait en train de transférer son ADN à l’hôte ni de perdre son autonomie (conditions essentielles de la théorie endosymbiotique).

C’est un exemple de symbiose et pas d’évolution organique. Dans la nature, il existe déjà de nombreuses symbioses stables (ex. lichens, coraux + zooxanthelles, termites + bactéries digestives). Ces systèmes ne deviennent pas des organites mais restent deux organismes associés.

Il y a une différence majeure avec la mitochondrie. Les mitochondries ne sont pas de simples symbiotes, elles sont intégrées au métabolisme cellulaire, avec un transfert massif de gènes vers le noyau (plus de 1 000 gènes mitochondriaux supposés « perdus » ou transférés). Or, aucune expérience n’a jamais montré qu’un tel processus pouvait se produire spontanément. Ici, l’algue reste une cellule complète, autonome, juste tolérée dans l’hôte.

Dans le modèle CET (créationniste/ICR), on peut voir ces systèmes comme une capacité programmée à entrer en coopération. Des « capteurs–traitement–réponse » permettent à l’hôte et au symbiote de s’ajuster. C’est donc une flexibilité prévue de la création biologique, pas un prototype de mitochondrie.

L’expérience de 2008 montre qu’une symbiose stable peut apparaître et se maintenir mais elle ne montre ni apparition d’un organite, ni transfert de gènes, ni perte d’autonomie du symbiote qui sont les étapes absolument essentielles du scénario endosymbiotique. C’est une démonstration de plasticité écologique déjà existante et pas une preuve que des mitochondries ont évolué par hasard dans le passé.

La multicellularité

Cabaret poursuit:

« Encore un autre type d’évolution directement observée expérimentalement, le passage à la multicellularité. L’introduction d’un protiste unicellulaire prédateur dans une culture d’algues unicellulaire amené au regroupement rapide de celle-ci en colonie multicellulaire stable, leur conférant l’avantage évident d’échapper à l’ingestion en devenant trop grosse pour être avalée.

Toujours à propos de la multicellularité, certaines colonies de levure ont montré l’émergence d’une spécialisation entre cellules. Les unes assurant la croissance, d’autres se sacrifiant pour permettra la division de la colonie, ce qui équivaut à une forme de reproduction au niveau de l’ensemble. On a ainsi assisté aux prémisses de la transition vers un superorganisme rompant la simple logique d’une colonie de clones.« 

Ici nous avons une expérience avec algues unicellulaires (Chlamydomonas, Volvox, etc.) avec l’introduction d’un prédateur unicellulaire dans une culture. La réaction adaptative est que les algues se regroupent en colonies multicellulaires. Il y a un avantage car les algues deviennent trop grosses pour être avalées ce qui permet une meilleure survie. La conclusion évolutive est qu’on observe une étape vers la multicellularité.

Une autre expérience avec des levures montre des colonies de levures unicellulaires formant des agrégats. Il y a une émergence d’une différenciation cellulaire rudimentaire. Certaines cellules assurent la croissance quand d’autres se « sacrifient » (apoptose programmée) pour permettre la division de la colonie. L’interprétation est que nous avons les premières prémices d’un superorganisme avec division du travail.

Il y a bien sûr une autre manière de voir les choses. Ces regroupements sont des réponses adaptatives basées sur des programmes déjà présents dans les cellules. Les algues et levures possèdent déjà les capacités de coopération, adhésion, communication (signaux chimiques, gènes de surface). Ce n’est pas la création ex nihilo d’un nouveau système complexe, mais une utilisation d’outils existants dans un contexte différent. C’est comparable à un mode « plan B » prévu pour survivre sous stress. Dans le paradigme créationniste c’est cohérent avec la variabilité programmée (CET).

Une colonie multicellulaire n’est pas un véritable organisme multicellulaire. Il n’y a pas d’intégration d’un système nerveux, circulatoire, reproductif… pas de plan d’organisation (body plan). On observe des agrégats d’individus coopérants, mais pas une transition vers un métazoaire complexe. C’est comme comparer une fourmilière (colonie d’individus coordonnés) avec un seul animal multicellulaire.

Le « sacrifice » de certaines cellules (apoptose) dans les levures est une fonction déjà codée dans leur génome (mécanisme d’auto-destruction utilisé dans d’autres contextes). Ce n’est pas une invention, mais une réaffectation d’une fonction existante. Pour passer à un organisme multicellulaire vrai, il faudrait des cascades entières de régulation génétique nouvelles et pas seulement une apoptose déclenchée en contexte de stress.

Après toutes ces expériences, on a encore des algues et des levures. Il n’y a pas de création de nouveaux tissus, organes, systèmes. L’argument évolutionniste « c’est le début de la transition » repose sur une projection spéculative plutôt que sur les faits observés.

Les expériences de « multicellularité expérimentale » montrent:

• De la plasticité adaptative (réponse au stress, coopération, colonies).
• De la réutilisation de mécanismes déjà codés (adhésion cellulaire, apoptose, signaux chimiques).
• Mais aucune création de nouveaux gènes ou structures intégrées nécessaires à l’apparition d’un véritable organisme multicellulaire complexe.

C’est une adaptation cohérente avec le modèle CET (Continuous Environmental Tracking), et non une preuve que des organismes unicellulaires simples pourraient évoluer en métazoaires.

Cabaret dans la plupart de ces observations ne mentionnent pas qu’il présente une interprétation des observations. Il n’y a pas de débat sur ce qui est observé, mais sur les conclusions qu’on en tire.

Dans l’article suivant, nous étudierons la sixième preuve apportée dans la vidéo sur les preuves de l’évolution: les hiérarchies emboîtées.

1. https://www.icr.org/article/endosymbiosis-theory-crisis.