Réponse créationniste à la vidéo « les preuves de l’évolution » de Passe-Science – sur l’évolution simulée (8)

Dans ce huitième et dernier article, nous terminons notre révision de la vidéo « Les preuves de l’évolution – Passe-science #64 » de la chaîne YouTube « Passe-Science ». Du premier au septième article nous avions traité la première preuve qui était « les preuves anatomiques« , la deuxième preuve qui était « les preuves développementales« , la troisième preuve qui était « les preuves génétiques« , la quatrième preuve qui était « les preuves paléontologiques« , la cinquième preuve « les observations directes« , la sixième preuve qui était « les hiérarchies emboîtées » et la septième preuve qui était « la répartition géographique ». J’aborde ici le huitième et dernier type de preuve: « l’évolution simulée ».

8. évolution simulée

Dans l’industrie, l’évolution dirigée a permis de créer de nouvelles enzymes, en faisant subir aux gènes des cycles artificiels de mutation + sélection, itérés des centaines de fois (ex. prix Nobel Frances Arnold 2018).

En ingénierie, la NASA a utilisé des algorithmes évolutionnaires pour optimiser la forme d’antennes spatiales (les fameuses antennes fractales).

En simulation virtuelle, des algorithmes évolutionnaires (mutation + sélection) produisent des créatures « émergentes » qui développent des comportements inattendus.

La conclusion darwinienne est que:

« Si ça marche artificiellement, c’est bien la preuve que la nature peut faire pareil, sans designer. »

Les limites de cette comparaison est que tout le processus est guidé par l’homme.

Les mutations sont induites de façon dirigée (par PCR, recombinaison, CRISPR…). La sélection est fixée par un critère externe (un seuil de rendement, une propriété chimique, une performance définie). Le système est téléologique: on a une finalité définie dès le départ (une enzyme qui catalyse mieux X, une antenne qui émet sur telle fréquence). Sans ce but fixé par une intelligence, les cycles aléatoires ne convergeraient vers rien d’utile. La téléologie et la finalité sont précisément ce qui est rejeté dans le darwinisme de base.

En d’autres termes: on observe bien une optimisation, mais pas l’émergence d’une innovation radicalement nouvelle. Les fonctions produites sont des variantes de l’existant, adaptées à un contexte précis. D’ailleurs, Lenski le montre aussi avec E. coli où les adaptations sont en fait des mutations dégradatives, qui donnent un gain local mais réduisent la complexité globale. Nous en parlions dans le cinquième article de la série « les observations directes« .

Le modèle CET (Continuous Environmental Tracking)

Le modèle CET (Continuous Environmental Tracking) proposé par l’ICR (Randy Guliuzza) explique que les organismes vivants fonctionnent comme des systèmes d’ingénierie déjà programmés pour détecter les changements environnementaux et y répondre par des ajustements internes.

L’évolution dirigée illustre bien cela:

• Les systèmes biologiques sont capables de s’adapter parce qu’ils ont été conçus avec des marges d’exploration et des mécanismes de robustesse.
• Le fait que des chercheurs puissent exploiter ces mécanismes avec succès prouve que les systèmes vivants sont programmés pour la variabilité (variations internes exploitables) et non pour inventer ex nihilo des nouveautés structurelles.

Ces expériences ne montrent pas que « le hasard crée l’innovation », mais que la variabilité conçue peut être exploitée par une intelligence pour atteindre un but précis.

L’évolution dirigée et les simulations évolutionnaires ne démontrent pas la puissance du hasard, mais plutôt la puissance du design initial. Les systèmes vivants et les algorithmes informatiques ne produisent des résultats qu’à cause d’un cadre, de critères et d’objectifs fixés par une intelligence externe. Cela illustre parfaitement le modèle CET: les organismes sont conçus comme des systèmes adaptatifs programmés, capables de générer des variations exploitables mais toujours à l’intérieur de frontières fixées par leur conception.

La biologie de synthèse cherche à concevoir ou reprogrammer des organismes vivants en utilisant des composants biologiques standardisés, comme on assemblerait des circuits électroniques. Cette discipline part du principe que les systèmes biologiques sont optimisés, organisés et adaptables, des qualités caractéristiques de solutions ingénieuses.

Cette vision d’ingénierie de la biologie rejoint les fondements du modèle CET (Continuous Environmental Tracking) développé par l’ICR. Selon ce modèle, les organismes sont dotés de capteurs, de mécanismes de traitement de l’information et de réponses internes qui leur permettent de s’adapter activement à leur environnement, de manière prévisible et ciblée, et non par mutations aléatoires filtrées passivement par la sélection naturelle. La biologie de synthèse tente de la reproduire. Cette approche confirme indirectement l’idée d’un design intelligent sous-jacent aux systèmes vivants, tel que défendu dans le cadre créationniste moderne.

Le programme informatique

En biologie classique darwinienne, beaucoup d’évolutionnistes évitent le mot programme (ou l’emploient dans un sens très vague), parce qu’il implique une notion de codage intentionnel. Si on parle de programme, ont sous-entend un programmeur. Or, la vision matérialiste cherche à éviter toute trace de téléologie.

• Le génome est littéralement une séquence codée en 4 lettres, contenant des instructions ordonnées.
• On parle de codons, de transcription, de traduction, de signaux de régulation, de réseaux d’information.
• Le fonctionnement ressemble objectivement à un système logiciel qui pilote du matériel biologique (hardware cellulaire).
• Les chercheurs en biologie de synthèse et en programmation génétique (ex. CRISPR, circuits biologiques, cellules reprogrammées en « usines vivantes ») utilisent ce vocabulaire sans complexe : coding, editing, programming, debugging.

Dans la philosophie naturaliste, il faut absolument éviter l’idée qu’il y a un auteur derrière ce code. C’est pourquoi certains préfèrent parler de:

• « processus auto-organisés »,
• « émergence »,
• « bricolage moléculaire »,
• « algorithmes aveugles ».

Mais ce sont des métaphores qui ne décrivent pas vraiment la précision et la sophistication observées.

Quand les ingénieurs reprogramment une cellule pour produire une molécule (ex. insuline recombinante), ils exploitent une architecture informationnelle préexistante. Le fait que cela fonctionne prouve que la cellule est déjà un système programmable, donc pensé comme tel.

C’est exactement comme reprogrammer un ordinateur: on peut changer le code, mais uniquement parce que la machine a été conçue pour exécuter du code. Cela montre bien que le vocabulaire du code et du programme correspond à la réalité de la génétique. La biologie de synthèse en est une preuve.

Critère de falsification

J.B.S Haldane, un évolutionniste célèbre déclarait en 1949 que l’évolution ne pouvait produire :

« Des mécanismes variés tel que la roue et les aimants, seraient inutiles, jusqu’à qu’ils ne soient parfaits.»

Is Evolution a Myth ? A Debate between D.Dewar and L.M. Davies vs J.B.S Haldane, Watts&Co.Ltd / Paternoster Press, London, 1949, p.90

Il parlait d’exemples (la roue, l’aimant) qui, selon lui, n’offrent aucun avantage tant qu’ils ne sont pas (presque) complets. Dans un débat publié en 1949, Haldane s’en est servi comme critère de falsification: si l’on trouvait dans la nature des dispositifs de type roue ou aimant « utiles seulement quand ils sont quasi parfaits », l’évolution par petites étapes sélectionnables serait mise à mal. À l’époque, il pensait que les organismes n’en montraient pas, ce qui confortait sa thèse.

On connaît maintenant des rotors moléculaires (ATP synthase, moteurs flagellaires), des « roues » à l’échelle nano.¹²

On peut comparer les systèmes biologiques aux machines créées par l’homme, comme les ordinateurs ou les moteurs, en observant la complexité et la précision des interactions moléculaires. Ces systèmes complexes nécessitent un concepteur intelligent, de la même manière que les machines humaines nécessitent des ingénieurs et des concepteurs. Plusieurs exemples peuvent être cités comme la synthèse des protéines, l’ADN, les mécanismes de la cellule etc…

Nous lisons dans Creation Matters Winter 2023 Volume 28 Number 1, page 4:

Les moteurs flagellaires comportent de nombreuses pièces qui remplissent des fonctions similaires à celles des pièces des moteurs conçus par l’homme, notamment des engrenages, des rotors, des essieux, des arbres de transmission, des bagues, des roulements à billes, des freins, des embrayages, des échafaudages structurels, des charnières, des joints universels, d’autres types de joints, des bagues d’adaptation, des douilles, des interrupteurs, des stators, des condensateurs, des canaux pour l’écoulement du carburant, des capteurs mécaniques et des composants qui répondent aux signaux du système de navigation et d’autres systèmes de contrôle.

Ce qui m’étonne bien plus que ces caractéristiques mentionnées ci-dessus, c’est la programmation associée aux flagelles bactériens. Différents programmes biologiques ultra-avancés sont nécessaires pour contrôler les moteurs, afin de diriger les cellules dans leur environnement, de réguler les changements de fonction des moteurs requis pour s’adapter à des changements de mode de vie, et de gérer la synchronisation et la logistique de l’assemblage en usine des flagelles bactériens et du matériel sur lequel fonctionne le système de navigation (figure 5). Ces programmes sont si avancés que les humains s’en sont inspirés pour améliorer nos propres programmes informatiques. Cela constitue une indication supplémentaire qu’une approche basée sur la création ou la conception est fructueuse pour la science.

Ne pas oublier également que la majorité des mutations sont légèrement nocives et qu’elles s’entassent dans tous les génomes, ce qui compromet les scénarios long-termistes.

«la vaste majorité des mutations est nocive. Ce principe est largement accepté aujourd’hui, il est supporté par des études en biologie moléculaires, ainsi que des études quantitatives sur les génomes.»

P. Keightley et M. Lynch, Toward a realistic model of mutations affecting fitness, Evolution 57:683 2003.

John C. Sanford est le généticien derrière le concept d’entropie génétique:

« L’entropie mutationnelle semble être si forte dans les grands génomes que la sélection ne peut pas l’inverser. Cela rend l’extinction finale de tels génomes inévitable. J’ai nommé ce problème fondamental “entropie génétique”. »

Genetic Entropy & the Mystery of the Genome

En fait les simulations de l’évolution avec le logiciel Mendel Accountant montre que les génomes ne peuvent probablement pas aller au delà de quelques dizaines de milliers d’années avant d’arriver à l’extinction et au crash génétique.

Alexey S. Kondrashov, généticien évolutionniste russe, dans son célèbre article « Contamination of the genome by very slightly deleterious mutations: Why have we not died 100 times over? » reconnaît un problème majeur du modèle mutation/sélection. Dans les organismes à grande taille génomique comme les humains, beaucoup de mutations légèrement délétères s’accumulent à chaque génération, or elles ne sont pas éliminées efficacement, car chacune a un effet trop faible. Il en découle que mathématiquement parlant la charge génétique cumulée devrait rendre la survie d’espèces comme l’homme impossible sur des échelles de temps évolutives.

John Sanford, a au fil des années, dans les éditions ultérieures de son livre et dans diverses publications, répondu à de nombreuses objections évolutionnistes contre l’entropie génétique, en particulier la sélection purifiante, une grande part des mutations délétères est trop faiblement délétère pour provoquer la disparition ou non la reproduction des porteurs, elles s’accumulent donc malgré la sélection et tous les êtres, sans exceptions, portent une charge mutationnelle comparable.

Chaque être humain moderne porte des milliers de mutations légèrement délétères qui n’existaient pas chez nos ancêtres anciens. Nous sommes tous des individus génétiquement dégradés, et la tendance se poursuit.

Cette relative uniformité de charge traduit une détérioration collective du génome humain. Les différences individuelles ne changent pas le fait que la moyenne se dégrade à chaque génération. Sanford parle d’un « déclin uniforme » ou d’une « dégénérescence silencieuse » : chacun hérite de la même dette génétique, légèrement aggravée à chaque transmission.

L’évolution nuit à la science?

Le darwinisme en cherchant à réduire l’intelligence et la finalité du génome, en essayant de trouver des mauvais designs, est nuisible à la science. Cela peut décourager d’envisager les choses comme elles sont, finement imbriquées et conçues.

Le darwinisme a longtemps présenté le génome et les organismes comme des produits imparfaits de bricolages aléatoires, sans véritable plan global. C’est l’idée du « mauvais design »: appendice inutile, ADN poubelle, organes vestigiaux… Cette perspective tend à minimiser l’intelligence et la finalité présentes dans le vivant.

L’ADN poubelle est aujourd’hui reconnu comme ayant d’innombrables rôles régulateurs. Des organes supposés inutiles (appendice, thymus, os pelviens de baleine, etc.) se révèlent avoir des fonctions précises. Les systèmes biologiques montrent un degré de redondance, de résilience et d’optimisation qui dépasse la simple idée de « bricolage ».

Dans le premier article de cette série, nous avions abordé les « mauvais designs » souvent mis en avant par les évolutionnistes: « les preuves anatomiques« .

En cherchant à démontrer un mauvais design, la recherche peut passer à côté de la réalité:

• Par ex. si l’on considère une séquence comme « inutile », on risque de ne pas chercher ses fonctions réelles.
• Cela a été un frein à la découverte de la complexité du non-coding DNA.

Cette vision peut décourager l’exploration scientifique, en biaisant la recherche contre l’hypothèse d’une organisation intelligente.

Si on part du principe que le vivant est finement imbriqué et conçu, on est poussé à chercher la logique et la fonction derrière chaque élément. Cette approche a déjà porté ses fruits: là où on voyait du déchet ou du vestige, on découvre des régulations sophistiquées. Ainsi, une conception téléologique (admettant finalité et intelligence) stimule la science, plutôt que de la freiner.

Le darwinisme tend à voir du hasard et du mauvais design là où la science découvre toujours plus d’ordre et d’ingéniosité. Cette posture n’éclaire pas la biologie, elle l’aveugle.

Si on suppose qu’un organe ou une structure est mal conçue ou sans fonction, on risque de passer à côté de son rôle réel. En médecine, ce biais peut retarder la compréhension de certaines maladies et conduire à des traitements inadaptés.

Considérer le vivant comme un bricolage maladroit a conduit à des erreurs médicales (appendice, ADN « poubelle », amygdales, les végétations et d’autres organes). À l’inverse, partir du principe que chaque élément du corps a une raison d’être, pousse à chercher et découvrir ses fonctions cachées, ce qui sert la science et la santé.

La Complexité du Génome est-elle comparable aux machines construites par l’homme?

La conclusion de Passe-Science

Passe-Science conclut à la fin de sa vidéo:

« Pourquoi de nos jours, malgré toutes ces preuves, certaines personnes doutent encore [de l’évolution] ? Essentiellement pour trois raisons. La première, une méconnaissance de la théorie de l’évolution, une ignorance de ce qu’elle déclare, mais aussi des idées reçues sur ce qu’elle postule et n’a pourtant jamais affirmé. Si vous êtes un sceptique de bonne foi, corriger ce point est vraiment le point de départ conseillé.

Une autre raison est la méconnaissance des preuves. Comme on l’a vu, l’étendue du domaine de preuves, est particulièrement large mais peu connu en détail du grand public. Et enfin une erreur sur le consensus perçu, considérer qu’il y a encore de nos jours débat dans la communauté scientifique alors que les points de litige ne se trouve que sur des détails techniques et en aucun cas sur les mécanismes généraux ou une hypothèse alternative à l’évolution darwinienne dans sa synthèse moderne.« 

La vidéo de Cabaret était bien partie: il avait posé les hypothèses évolutives mais ce qu’il présente par la suite ressemble davantage à des hypothèses supplémentaires ou à des interprétations plus que des preuves. Il y a des arguments incorrects et beaucoup de choses non dites, qui une fois prise en compte donnent une autre image. L’erreur commise est aussi de penser que seule l’évolution peut expliquer une observation de manière cohérente.

Nous devons être conscients que certaines observations peuvent être cohérentes et expliquées avec plusieurs modèles. Par contre d’autres ne sont cohérentes qu’avec l’un ou l’autre modèle.

Cabaret parle de la « méconnaissance de l’évolution », d’une « ignorance de ce qu’elle déclare », mais elles déclarent tellement de choses et a tellement changé au fil des années que nous pouvons comprendre qu’une partie du grand public soit laissée sceptique, mais en fait la population occidentale est globalement plus évolutionniste qu’autre chose car c’est bien l’évolution qui a le droit d’être enseignée dans les écoles.

Aussi, les définitions et les arguments varient d’un évolutionniste à un autre, ce qui ne serait pas problématique si ces différences ne portaient que sur les détails. Je renvoie à ma série « sélection naturelle et biologie intelligente » où je cite de nombreux évolutionnistes qui se contredisent et qui ne sont pas d’accord sur des points fondamentaux, en particulier sur la définition de la sélection naturelle, qui semble davantage être une vue de l’esprit qu’un véritable mécanisme d’affinement des organismes.

Cabaret parle aussi de la méconnaissance des preuves, ce qui est assez vrai de mon point de vue créationniste. Au final les deux camps peuvent se renvoyer la balle en s’accusant mutuellement, je laisserai donc le lecteur juger de la situation.

Enfin, Cabaret parle du consensus et qu’il n’y a de débats que sur des détails mais ce n’est pas vrai, encore une fois, je vous invite à découvrir la série sélection naturelle qui révèle que les points de désaccords se trouvent sur des points fondamentaux. On peut juste s’intéresser au groupe évolutionniste de la troisième voie pour s’en persuader. Tout en étant « anti-créationniste » (viscéralement), ils déclarent après avoir sabré le créationnisme:

« L’alternative communément admise est le néo-darwinisme, qui est clairement une science naturaliste mais qui ignore de nombreuses preuves moléculaires contemporaines et invoque un ensemble d’hypothèses non étayées concernant la nature accidentelle de la variation héréditaire. Le néo-darwinisme ignore d’importants processus évolutifs rapides tels que la symbiogenèse, le transfert horizontal d’ADN, l’action de l’ADN mobile et les modifications épigénétiques. De plus, certains néo-darwiniens ont élevé la sélection naturelle au rang de force créatrice unique, censée résoudre tous les problèmes évolutifs difficiles sans véritable fondement empirique. De nombreux scientifiques considèrent aujourd’hui qu’il est nécessaire d’explorer plus en profondeur et de manière plus complète tous les aspects du processus évolutif. »

https://www.thethirdwayofevolution.com

D’autres scientifiques (pas nécessairement créationnistes) déclarent:

« Nous sommes sceptiques quant aux affirmations selon lesquelles la mutation aléatoire et la sélection naturelle suffiraient à rendre compte de la complexité de la vie. Un examen attentif des preuves en faveur de la théorie darwinienne devrait être encouragé. »

A scientific dissent from Darwin

L’exercice de Cabaret me semble révéler des œillères et l’emprisonnement dans la bulle évolutionniste néodarwinienne, qui expliquent pourquoi tant de réfutations (même séculières) sont ignorées. On imagine pas qu’il y a d’autres modèles, d’autres explications, bien plus cohérentes que celles proposées par les partisans du néodarwinisme.

Dean Kenyon, un biologiste, était initialement un évolutionniste convaincu, il a basculé d’abord vers l’ID puis vers le créationnisme biblique. Il a déclaré:

« C’est mon opinion professionnelle, fondée sur mes propres recherches, mes études et mon enseignement, que la science de la création est aussi scientifique que l’évolution, bien qu’elle ne bénéficie actuellement pas du même volume de recherches qui ont été menées sous des présupposés évolutionnistes.

J’ai la conviction que, si un biologiste professionnel prend le temps d’examiner attentivement les hypothèses sur lesquelles repose la doctrine de la macro‑évolution, ainsi que les données observationnelles et expérimentales concernant la question des origines, il ou elle conclura qu’il existe des raisons substantielles de douter de la vérité de cette doctrine. Je crois également qu’une vision créationniste scientifiquement fondée des origines n’est pas seulement possible, mais qu’elle est préférable à la version évolutionniste. »

https://www.talkorigins.org/faqs/edwards-v-aguillard/kenyon.html

Frank Sherwin déclare:

« L’évolution est une foi selon laquelle des produits chimiques inconnus se sont assemblés d’une manière inconnue, en un lieu inconnu, à un moment inconnu, en utilisant un processus inconnu pour produire la vie. »

Il y a une vie sans l’évolution, une autre manière d’observer le vivant. Je vais travailler sur un exercice similaire à celui de Passe-Science, qui sera dénommé « les preuves de la création et du déluge ».

1. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/11533724/.
2. https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0962892403000047.